I ”Men in Black” får vi följa agenterna Kay (Jones) och Jay (Smith) – medlemmar av en topphemlig organisation som övervakar utomjordiska aktiviteter på jorden. De två agenterna hamnar mitt i en livsfarlig konspiration, hopkokad av en intergalaktisk terrorist (Vincent D’Onofrio) som har kommit till jorden för att mörda två ambassadörer från andra galaxer. Kay och Jays uppdrag blir att stoppa inkräktaren och rädda jorden från förintelse – helt enkelt en vanlig dag på jobbet för ”The Men in Black”!