Boxtrollen är monster som bor under Cheesebridges charmiga gator. Om nätterna kravlar de sig ut ur kloakerna för att stjäla stadens barn och goda ostar; detta är åtminstone den myt som stadens invånare lärt sig tro på. Sanningen är dock att Boxtrollen är en samling älskvärda knasbollar som tagit sig an uppgiften att helt på egen hand uppfostra ett människobarn vid namn Eggs. När Boxtrollen blir måltavla för en livsfarlig skadedjursbekämpare som beslutat sig för att utrota dem, måste Eggs våga sig upp från underjorden för att rädda sin säregna familj. Tillsammans med en äventyrslysten flicka försöker han inte bara rädda Boxtrollen, utan även Cheesebridges själ.